Η «Παναγία η Σκριπούς» (όπως έχει καθιερωθεί ο Ιερός Ναός Κοίμησης της Θεοτόκου Ορχομενού) είναι το αρχαιότερο βυζαντινό μνημείο της Βοιωτίας και ένα από τα σπουδαιότερα της Ελλάδας. Με την σημερινή περίπου μορφή της κτίστηκε το 873/874 μ.Χ. πιθανόν ως ταφικό μνημείο του Λέοντα, πρωτοσπαθάριου της ανακτορικής φρουράς του βυζαντινού αυτοκράτορα (γεγονός που ενισχύεται από 2 μεγαλοπρεπείς βυζαντινούς τάφους, μάλλον του Λέοντα και της συζύγου του, που βρέθηκαν δεξιά όπως μπαίνουμε στο ναό, κατά την τελευταία ανασκαφή στο εσωτερικό του). Κατά την ανασκαφή αυτή βρέθηκε και ψηφιδωτό δάπεδο (εβδομήντα περίπου εκατοστά πιο κάτω από το δάπεδο του σημερινού ναού) το οποίο χρονολογήθηκε στο 480 μ.Χ. που αποδεικνύει πως κτίστηκε πάνω σε προγενέστερο παλαιοχριστιανικό ναό.Ο ναός αποτελεί το καθολικό (εκκλησία) ανδρικής μονής και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου, αλλά και στους αποστόλους Πέτρο και Παύλο, όπως άλλωστε αποδεικνύει το τρισυπόστατο Ιερό Βήμα. Τα δύο ανατολικά πλάγια κλίτη δεν λειτουργούν ως πρόθεση και διακονικό, αλλά σύμφωνα με τις επιγραφές ως παρεκκλήσια των Αγίων Πέτρου και Παύλου «ων Ρώμης βώλαξ ιερήν κόνιν αμφικαλύπτει», κατά το χαραγμένο εκεί επίγραμμα.
Η εκκλησία της Παναγίας για εκατοντάδες χρόνια ήταν καθολικό ανδρικού μοναστηριού, της Μονής Σκριπούς. Μάλιστα μέχρι σήμερα σώζεται η ωραιότατη πύλη του μοναστηριού και μια πτέρυγα από τα παλιά κελιά της Μονής. Η τεράστια περιουσία του μοναστηριού του έδινε τη δυνατότητα να αναπτύσσει σημαντικότατο έργο. Αναφέρεται ότι μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας βρέθηκαν στην κατοχή της μονής Σκριπούς εξήντα χιλιάδες στρέμματα γης. Βέβαια, αυτή η περιουσία δεν υπάρχει πια, γιατί κατά καιρούς μοιράστηκε στους ακτήμονες της περιοχής.
Κατά την Τουρκοκρατία ο Ορχομενός ουδέποτε υπέστη παιδομάζωμα, ούτε και μπόρεσαν ποτέ οι Τούρκοι να πάρουν κορίτσια για τα χαρέμια του Σουλτάνου και των πασάδων. Και τούτο γιατί οι ηγούμενοι της Παναγίας, είχαν μόνιμα δύο μοναχούς, οι οποίοι έβγαζαν σκοπιά 24 ώρες το 24ωρο. Ένας μοναχός βρισκόταν στο λόφο απέναντι από την Παναγία για να ελέγχει τον κάμπο προς τη Λιβαδειά, όπου ήτανε η έδρα του πασά και τον κάμπο προς την Καρυά, ένα μικρό κοντινό χωριό, όπου ήτανε η έδρα του αγά (μέσα στον Ορχομενό ποτέ δεν εγκαταστάθηκαν οι Τούρκοι). Ο δεύτερος μοναχός έβγαζε σκοπιά στο παλιό καμπαναριό, πίσω από τα κελιά της Παναγίας. Ο πρώτος μοναχός όταν έβλεπε ύποπτες κινήσεις άναβε μία φωτιά. Ο δεύτερος μοναχός βλέποντας τον καπνό, χτυπούσε τις καμπάνες, οι μανάδες έπαιρναν τα παιδιά τους, τα έφερναν στην εκκλησία, και στον πρόναο της εκκλησίας υπήρχε μία καταπακτή. Η καταπακτή αυτή οδηγούσε σε μία σήραγγα, η οποία διέσχιζε όλο το προαύλιο και έφτανε απέναντι στο λόφο, όπου βρίσκεται το εκκλησάκι των Αγίων Αναργύρων.
Από εκεί υπήρχε μία δεύτερη σήραγγα, η οποία οδηγούσε στην αρχαία Ακρόπολη του Ορχομενού. Οι μοναχοί έβαζαν τα παιδιά μέσα στη σήραγγα αυτή και έκλειναν την καταπακτή. Όταν κατέφθαναν Τούρκοι, έψαχναν για παιδιά, αλλά αυτά, είχαν ήδη οδηγηθεί ψηλά στο λόφο. Το μυστικό αυτό ουδέποτε προδόθηκε καθ’ όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας και οι Τούρκοι ποτέ δεν ανακάλυψαν την καταπακτή. Δυστυχώς όμως οι πατέρες του μοναστηριού πολλές φορές πλήρωσαν τη μανία των Τούρκων.
Αναφέρεται ότι ο μεγάλος φιλέλληνας λόρδος Βύρων, επισκέφθηκε τη Μονή Σκριπούς και εντυπωσιάστηκε πάρα πολύ από τον τότε ηγούμενο. Πρόκειται για τον ηγούμενο Νικηφόρο, πολύ μορφωμένο άνθρωπο με ευρύτητα πνεύματος και μεγάλη ακτινοβολία, ο οποίος πρόσφερε πάρα πολλά στον αγώνα του επαναστατημένου γένους, ιδιαίτερα μετά την καταστροφή της μονής. Στα χρόνια της επανάστασης ζούσαν στο μοναστήρι 60 μοναχοί (κατά τους περιηγητές Πουκεβίλ και Λικ). Επειδή οι μοναχοί βοηθούσαν τους οπλαρχηγούς της Ρούμελης, ο πασάς της Λιβαδειάς έκανε επιδρομή στο μοναστήρι, σκότωσε πολλούς μοναχούς και έβαλε φωτιά στο μοναστήρι και στην εκκλησία. Μάλιστα, φαίνεται ότι από την υπερβολική θερμοκρασία έπεσαν πολλοί σοβάδες στην εκκλησία και καταστράφηκαν οι περισσότερες τοιχογραφίες. Όσοι μοναχοί γλίτωσαν από το σπαθί των Τούρκων, εγκατέλειψαν την περιοχή και με τον ηγούμενο Νικηφόρο έφτασαν στο μοναστήρι της Αγίας Ελεούσας στην περιοχή του Βαρθολομιού της Ηλείας, όπου εγκαταβίωσαν.
Εκεί ο ηγούμενος της Σκριπούς Νικηφόρος ανέπτυξε πολύ μεγάλη δράση βοηθώντας τους οπλαρχηγούς του Μοριά. Ο ίδιος πήρε μέρος σε πολλές μάχες και περιγράφεται σαν ένας άνθρωπος που ήτανε πολύ μορφωμένος, έξυπνος, πεισματάρης, άλλα και που αγαπούσε πάρα πολύ την πατρίδα. Μάλιστα αναφέρεται ότι πολλές φορές δεν μπορούσαν οι σύγχρονοί του να καταλάβουν αν αυτός ο καλόγερος αγαπούσε πιο πολύ την πίστη του ή την πατρίδα του.
Μετά την απελευθέρωση ορισμένοι μοναχοί γύρισαν στο μοναστήρι, ενώ άλλοι, όπως και ο ηγούμενος Νικηφόρος αποφάσισαν να μείνουν στο Μοριά. Καθήκοντα ηγουμένου ανέλαβε ο Δαμασκηνός, ο οποίος επισκέφθηκε στην Ηλεία, τον πρώην ηγούμενο Νικηφόρο για να παραλάβει τα άγια λείψανα και τα κειμήλια της Μονής, τα οποία είχαν πάρει μαζί τους οι μοναχοί.Στα χρόνια της Βαυαροκρατίας επισκέφθηκε το μοναστήρι ο τότε βασιλιάς της Ελλάδα Όθωνας. Η επίσκεψη αυτή δείχνει ότι και μετά την απελευθέρωση το μοναστήρι διατηρούσε την αίγλη και τη φήμη του.
Στο μοναστήρι της Σκριπούς φιλοξενήθηκε και ο μεγάλος Γερμανός αρχαιολόγος Ερρίκος Σλήμαν, ο οποίος αναφέρεται με πολύ κολακευτικά λόγια στον Ηγούμενο του μοναστηριού Θεοδόσιο, στα χρόνια του οποίου, σχετικές επιγραφές αναφέρουν ότι έγιναν σημαντικά έργα στο χώρο της Μονής. Χαρακτηριστικά αναφέρει: «Φιλοξενήθηκα στο Μοναστήρι της Παναγίας της Σκριπούς και κάθε απόγευμα, πίναμε τον καφέ μας μαζί με τον αγαθό ηγούμενο Θεοδόσιο, κάτω από το μεγάλο κυπαρίσσι το οποίο βρίσκεται κοντά στην είσοδο της Παναγίας». Πρόκειται για το ίδιο κυπαρίσσι που σώζεται στον προαύλιο χώρο της Παναγίας μέχρι και σήμερα.
Στα χρόνια που ακολούθησαν το μοναστήρι έγινε μετόχι της Μονής του Οσίου Σεραφείμ Δομβούς. Μετά την απαλλοτρίωση των κτημάτων η τοπική εκκλησιαστική αρχή, ο Μητροπολίτης Θηβών και Λεβαδείας, αποφάσισε να παραχωρηθεί ο ναός της Παναγίας στους ενορίτες της κοινότητας Σκριπούς και έτσι η Παναγία έγινε ενοριακός ναός της Σκριπούς.
Τότε οι τελευταίοι μοναχοί αποχώρησαν από τον Ορχομενό για την μονή του Οσίου Σεραφείμ Δομβούς, παίρνοντας μαζί τους όλα τα άγια λείψανα, τα ιερά κειμήλια και πολλές εικόνες, που σήμερα βρίσκονται στην μονή του Οσίου Σεραφείμ.
Το 1926 η Παναγία κηρύχθηκε ιστορικό διατηρητέο μνημείο ενώ τα επόμενα χρόνια στα κελιά της Παναγίας στεγάστηκαν το Ελληνικό Σχολείο, ταλαιπωρημένες προσφυγικές οικογένειες από τη Μικρά Ασία και τη Θράκη, το πρώτο Γυμνάσιο του Ορχομενού και ο Σταθμός της Χωροφυλακής.Η εκκλησία γιορτάζει πέντε φορές το χρόνο. Στις 16 Ιανουαρίου, γιορτή της προσκυνήσεως της Τιμίας Αλύσεως του Αποστόλου Πέτρου, πανηγυρίζει το παρεκκλήσιο του Αποστόλου Πέτρου και γίνεται αγρυπνία.Στις 29 Ιουνίου, που η εκκλησία μας γιορτάζει τη μνήμη των Αγίων Αποστόλων Πέτρου και Παύλου, πανηγυρίζει το παρεκκλήσιο του Αποστόλου Παύλου και γίνεται αγρυπνία. Στις 15 Αυγούστου, γιορτή της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, γιορτάζει και πανηγυρίζει ο ναός της Παναγίας. Η πανήγυρη αυτή καθιερώθηκε από τότε που η Παναγία έγινε ενοριακός ναός.Η 23η Αυγούστου, γιορτή της Αποδόσεως της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, «τα εννιάμερα της Παναγίας», όπως συνηθίζει να λέει ο λαός μας, είναι η παλαιά μοναστηριακή πανήγυρη και είναι μία από τις μεγαλύτερες πανηγύρεις σε όλο το νομό της Βοιωτίας. Σύμφωνα με παλιό μοναστηριακό έθιμο, στον εσπερινό της εορτής, στολίζεται μικρός επιτάφιος, όπου τοποθετείται το σώμα της Παναγίας, ψέλνοντας τα εγκώμια της Θεοτόκου, που αναφέρονται στην Κοίμηση και τη Μετάσταση της Παναγίας και γίνεται λιτάνευση του επιταφίου μέχρι την κεντρική πλατεία της ενορίας.
Η τελευταία γιορτή-πανήγυρη του ιερού ναού, που είναι και η επίσημη γιορτή και πανήγυρη, είναι η 10η Σεπτεμβρίου. Είναι η τοπική εορτή του Ορχομενού που οι κάτοικοι της Σκριπούς και Πετρομαγούλας σώθηκαν με τη θαυματουργική επέμβαση της Παναγίας από τα γερμανικά στρατεύματα κατοχής στις 10 Σεπτεμβρίου 1943. Στο εσωτερικό του ναού δεσπόζει η «όμορφη Παναγιά», η θαυματουργή εικόνα, ρώσικης τεχνοτροπίας. Στο πρόσωπό της ο γερμανός αξιωματικός Όφμαν αναγνώρισε τη γυναίκα που σταμάτησε τα γερμανικά τανκς.
